Учрежден Постановлением Верховного Совета Республики Казахстан № 1519-XII от 3 июля 1992 года площадью 56078 га. В 2006 году площадь заповедника была увеличена за счет изъятия из категории земель государственного лесного фонда Риддерского и Зыряновского государственных учреждений лесного хозяйства земельные участки и предоставить их ГУ "Западно-Алтайский государственный Природный заповедник" в постоянное землепользование - общей площадью 30 044 га. Общая площадь заповедника составляет - 86 122 га. Заповедник создан для сохранения и изучения природного комплекса, типичного для горно-таежных лесов Западного Алтая.

Описание границ

В географическом отношении заповедник располагается на участках горных хребтов казахстанской части Алтая: Заповедник расположен на северо-востоке Казахстанского Алтая. Северо-восточная граница заповедника вплотную примыкает к территории Республики Алтай (Российская Федерация), юго-восточная проходит по следующим ориентирам: по левому притоку реки Барсук до слияния, по ручью Линейный до водораздела Тургусунского хребта. Затем по реке Малый Тургусун по ключу Озерному до реки Левая Татарка. Далее на север вниз по реке Палевская разливанка. От реки Белая Уба граница проходит на север по Светлому ключу, перевалу Линейскому до реки Коршуновка и реки Черная Уба.

Фауна

На территории Западно-Алтайского заповедника обитает 230 видов животных, в том числе: современная фауна птиц Западно-Алтайского заповедника включает 162 вида, в том числе 120 гнездящихся. Из числа редких и исчезающих птиц, занесённых в Красную книгу Казахстана, в Западно-Алтайском заповеднике отмечено пребывание 13 видов, из них 5 видов гнездится - чёрный аист (Ciconia nigra), беркут (Aguila chrysaetus), сапсан (Falco peregrinus), серый журавль (Grus grus), филин (Bubo bubo) и 1 – балобан (Falco cherrug), встречается в период миграции: таймень (Hugo taimen); орлан белохвост (Нaliaeetus albicilla); ночница Иконникова (Myotis ikonnikovi); эйзения великолепная (Eisenia magnifica); жужелица восхитительная (Carabus іmperіalіs); деракантина гранулированная (Deracanthina granulate); дыбка степная (Saga pedo). Ещё 2 вида - коростель (Crex crex) и овсянка-дубровник (Emberiza aureola) занесены в международный список глобально угрожаемых видов птиц, составленный BirdLifeInternational (2005). 57 видов млекопитающих: три вида копытных - лось (Alces), марал (Cervus elaphus), косуля (Capreolus) большей частью откочевывают на зимний период в менее снежные районы. Американская норка (Neovison vison) является акклиматизированным видом. К видам, вновь заселившим территорию заповедника после длительного отсутствия, следует отнести лося (Alces alces), появившегося здесь в 70-е годы прошлого века и марала (Cervus elaphus), проникшего на Западный Алтай в последние десятилетия. В 2008 году появился бобр (Castor fiber). Обычными видами являются бурый медведь (Ursus arctos) и рысь (Lynx lynx), соболь (Martes zibellina), горностай (Mustela erminea), солонгой (Mustela altaica), ласка (Mustela nivalis), белка (Sciurus), бурундук (Tamias sibiricus), алтайская пищуха (Ochotona alpina), заяц-беляк (Lepus timidus). Герпетофауна включает: Змеи: Ужеобразные (Colubridae): обыкновенный уж (Natrix natrix); узорчатый полоз (Elaphe dione). Гадюковые змеи, или гадюки (Viperidae): гадюка обыкновенная (Vipera berus); гадюка степная (Vipera renardi). Ихтиофауна рек и озёр до сих пор остается практически не изученной, поэтому предварительный список включает лишь 5 видов рыб, из них 1 вид - таймень (Hucho taimen) занесен в список Красной книги Казахстана.

Флора

Флористическое богатство Западно-Алтайского заповедника свидетельствует о том, что он играет значительную роль в сохранении биоразнообразия Казахстанского Алтая. Западно-Алтайский заповедник играет значительную роль в сохранении генофонда редких, находящихся под угрозой исчезновения видов растений. К группе нуждающихся в особой охране относятся 82 вида или 10,35% всей флоры заповедника, из них 31 вид внесены в Красную книгу Казахстана: дифазиаструм альпийский (Diphasiastrum alpinum); ревень алтайский (Rheum altaicum); баранец обыкновенный (Huperzia selago); рапонтикум сафлоровидный (Rhaponticum carthamoides); кандык сибирский (Erythronium sibiricum); пион Марьин корень (Paeonia anomala); пион степной (Paeonia hybrida); долгоног снеговой (Macropodium nivale); родиола розовая (Rhodiola rosea); гимноспермиум алтайский (Gymnospermium altaicum); надбородник безлистный (Epipogium aphyllum); лилия кудреватая (Lilium martagon); пальчатокоренник Фукса (Dactylorhiza fuchsia); сибирка алтайская (Sibiraea altaiensis); волчеягодник алтайский (Daphne altaica); златоцвет весенний (Adonis vernalis); адонис пушистый (Adonis villosa); осмориза остистая (Osmorhiza aristata); подлесник европейский (Sanicula europaea); багульник болотный (Ledum palustre); клюква мелкоплодная (Oxycoccus microcarpus); лук мелкосетчатый (Allium microdictyon); башмачок крупноцветковый (Cypripedium macranthon); башмачок настоящий (Cypripedium calceolus); башмачок пятнистый (Cypripedium guttatum); ятрышник шлемовидный (Orchis militaris); ковыль перистый (Stipa pennata); вороний глаз обыкновенный (Paris quadrifolia); прострел раскрытый (Pulsatilla patens); тюльпан одноцветковый (Tulipa uniflora); тюльпан поникающий (Tulipa patens). Группа реликтов во флоре заповедника представлены более чем 70 видами, различными по возрасту, происхождению, географической и экологической приуроченности. Группа эндемиков: пырейник убинский (Elymus ubinicum); пырейник линейский (Elymus lineicus); пырейник лениногорский (Elymus leninagoricum); пырейник Нурании (Elymus nuranii); лук Иващенко (Allium ivasczenkoae) и субэндемиков Алтае - Саянской провинции составляет 10,8% от флористического разнообразия заповедника. К настоящему времени во флоре заповедника выявлено 804 вида из 339 родов и 84 семейств. По таксономическому составу флора Западно-Алтайского заповедника имеет следующие показатели: хвощёвые-7, папоротники-26, плауновые-3, голосеменные-8, эфедровые-1, покрытосеменные-758, в том числе лилиевые, односемядольные-192, двусемядольные-566.