Заповедник организован Постановлением Совета Министров Казахской ССР от 4 августа 1976 года № 365 для сохранения и изучения природных комплексов южной части Алтая, разработки методов восстановления биоценозов черневой тайги, изучения экологии и динамики численности рыб водоема оз.Маркаколь.

Первоначальная площадь заповедника составляла 71 367 га, из них на сушу приходилось 26 917 га, на акваторию озера - 44 450 га.

В 1987 году к заповеднику были присоединены восточная и северо-восточная части оз. Маркаколь от Жукова ключа до р.Тихушки, а также среднее течение р.Тополевки. Вся акватория водоема стала заповедной. Общая площадь заповедника стала75 040 га.

Согласно Постановления №1214 от 11.12.2007 года площадь Маркакольского государственного природного заповедника увеличена на 27 931 га(за счет присоединения земель запаса 11673,6 га и земель лесного фонда - 16 257,4 га).

Общая площадь заповедника составила - 102 971 га.

Находится в ведении Комитет лесного хозяйства и животного мира Министерства экологии, геологии и природных ресурсов Республики Казахстан

Местонахождение: Маркакольский государственный природный заповедник расположен на востоке Республики Казахстан, в Маркакольской котловине гор Южного Алтая.

В административно-хозяйственном отношении заповедник расположен на территории Курчумского района Восточно-Казахстанской области в 250 км восточннее с. Курчум и в 500 км юго-восточнее г. Усть-Каменогорск, центральная усадьба заповедника находится в с. Урунхайка.

Описание границ. Территория заповедника находится в пределах Маркакольской котловины. Маркакольский государственный природный заповедник включает в себя три заповедных участка – озерный, горно-лесной, южный горно-лесной.

Озерный заповедный участок: граница заповедника проходит по урезу воды акватории озера Маркаколь, полностью охватывая озеро.

Северный горно-лесной заповедный участок: граница участка проходит с ГУ «Маркакольское лесное хозяйство» до квартального столба № 6-7, далее с севера северо-запада с землями Госземзапаса и по побережью озера Маркаколь включая лесной квартал 25.

Южный горно-лесной заповедный участок: граница проходит на юго-восточном побережье озера Маркаколь на юго-запад по границе с ГУ «Маркакольское лесное хозяйство» и далее по границе с землями Госземзапаса.

Флора. Растительное разнообразие Маркакольского заповедника насчитывает более 700 видов высших растений. Здесь произрастают такие эндемики Алтая, как борец алтайский (Aconitum altaicum) и герань сходная, эндемики Алтае-Саянской горной области: кандык сибирский (Erythrōnium sibīricum), ревень алтайский (Rheum altaicum), мятлик алтайский (Poa altaica), ожика многоцветковая (Lúzula multiflóra), тюльпан разнолепестный (Tulipa heteropetala), молочай бухтарминский (Euphorbia buchtormensis). Среди представителей маркакольского растительного мира присутствует большое число редких растений: щитовник картузийский (Dryopteris carthusiana); толокучник трехперый (Gymnocarpium dryopteris); голокучник есейский (Gymnocarpium jessoense); костенец пекинский (Asplenium pekinense); гроздовник полулунный (Botrychium lunaria); фегоптерис связывающий (Phegopteris connectilis); плаун баранец (Huperzia selago); дифазиаструм альпийский (Diphasiastrum alpinum); плаун годичный (Lycopodium annotinum); сосна сибирская (Pinus sibirica); можжевельник ложноказачий (Juniperus pseudosabina); хвойник односемянный (Ephedra monosperma); рогоз широколистный (Typha latifolia); ковыль перистый (Stipa pennata); рябчик мутовчатый (Fritillaria verticillata); рябчик малый (Fritillaria meleagroides); лук алтайский (Allium altaicum); лук плевокорневищный (Allium hymenorhizum); лук косой (Allium oblicum); лук плоскочехольный (Allium platyspathum); ирис Блудова (Iris bloudowii); пололепестник зеленый (Coeloglossum viride); ладьян трехнадрезанный (Corallorhiza trifida); пальчатокоренник кроваво-красный (Dactylorhiza incarnate); пальчатокоренник длиннолистный (Dactylorhiza longifolia); пальчатокоренник теневой (Dactylorhiza umbrosa); гудайера ползучая (Goodyera repens); тополь волосистый (Populus pilosa); ревень компактный (Rheum compactum); клайтония Иоанновская (Claytonia joanneana); борец байкальский (Aconitum baicalense); воронец красноплодный (Actaea erythrocarpa); горицвет сибирский (Adonis sibirica); ветреница алтайская (Anemonoides altaica); ветреница голубая (Anemonoides caerulea); живокость удивительная (Delphinium mirabile); лжеводосбор ветреницевидный (Paraquilegia anemonoides); хохлатка крупноприцветниковая (Corydalis bracteata); родиола холодная (Rhodiola algida); родиола четырехчленная (Rhodiola quadrifida); бадан толстолистный (Bergenia crassifolia); крыжовник игольчатый (Grossularia acicularis); черемуха обыкновенная (Padus avium); шиповник острошиповый (Rosa oxyacantha); копеечник чайный (Hedysarum theinum); волчник алтайский (Daphne altaica)4 хвостник обыкновенный (Hippuris vulgaris); грушанка красная (Pyrola incarnate); вахта трехлистая (Menyanthes trifoliate); бруннера сибирская (Brunnera sibirica); норичник алтайский (Scrophularia altaica); ястребинка Коржинского (Hieracium korshinskyi); эдельвейс бледно-желтый (Leontopodium ochroleucum); пиретрум красивый (Pyrethrum pulchrum).

Так же в составе растительности Маркакольской котловины насчитывается 72 вида растений, подлежащих особой охране. Среди них есть виды, внесенные в Красную книгу республики Казахстан: ревень алтайский (Rheum altaicum); рапонтикум сафлоровидный (Rhaponticum carthamoides); гладкосемянница бесстебельная (Leiospora exscapa); баранец обыкновенный (Huperzia selago); кандык сибирский (Erythronium sibiricum); тюльпан разнолепестной (Tulipa heteropetala); пион Марьин корень (Paeonia anomala); пион степной (Paeonia hybrida); долгоног снеговой (Macropodium nivale); родиола розовая (Rhodiola rosea); гимноспермиум алтайский (Gymnospermium altaicum); надбородник безлистный (Epipogium aphyllum); лилия кудреватая (Lilium martagon); башмачок пятнистый (Cypripedium guttatum); пальчатокоренник Фукса (Dactylorhiza fuchsia); прострел раскрытый (Pulsatilla patens); сибирка алтайская (Sibiraea altaiensis); волчеягодник алтайский (Daphne altaica).

Кроме того 71 вид растений, встречающийся на территории Маркакольского заповедника, внесен в Списки растений, охраняемых в пределах Алтае-Саянского экорегиона: щитовник пахучий (Dryopteris fragrans); щитовник мужской (Dryopteris filix-mas); многорядник копьевидный (Polystichum lonchitis); костенец пекинский (Asplenium pekinense); костенец рута постенная (Asplenium ruta – muraria); костенец северный (Asplenium septentrionale); костенец волосовидный (Asplenium trichomanes); кочедыжник вздутолистный (Athyrium distentifolium); пузырник алтайский (Cystopteris altaiensis); гроздовник полулунный (Botrychium lunaria); гроздовник многораздельный (Botrychium multifidum); плаун баранец (Huperzia selago); дифазиаструм альпийский (Diphasiastrum alpinum); можжевельник казачий (Juniperus sabina); лук алтайский (Allium altaicum); лук косой (Allium oblicum); эремурус алтайский (Eremurus altaicus); полынь сантолинолистная (Artemisia santolinifolia); цицербита лазоревая (Cicerbita azurea); эдельвейс бледно-желтый (Leontopodium ochroleucum); ромашка сомнительная (Matricaria ambigua); птармика Ледебура (Ptarmica ledebourii); рапонтикум сафлоровидный (Rhaponticum carthamoides); соссюрея Фролова (Saussurea frolowii); пижма толстоножковая (Tanacetum crassipes); голосемянник алтайский (Gymnospermium altaicum); бруннера сибирская (Brunnera sibirica); долгоног снеговой (Macropodium nivale); жимолость щетинистая (Lonicera hispida); мшанка моховидная (Sagina saginoides); родиола холодная (Rhodiola algida); родиола четырехчленная (Rhodiola quadrifida); родиола розовая (Rhodiola rosea); арктоус альпийский (Arctous alpine); копеечник чайный (Hedysarum theinum); горечавка Фишера (Gentiana ficheri); горечавочка туркестанская (Gentianella turkestanorum); зизифора пахучковидная (Ziziphora clinopodioides); кандык сибирский (Erythronium sibiricum); рябчик малый (Fritillaria meleagroides); рябчик мутовчатый (Fritillaria verticillata); гусиный лук Федченковский (Gagea fedtschencoana); гусиный лук зернистый (Gagea granulosa); тюльпан разнолепестной (Tulipa heteropetala); вахта трехлистая (Menyanthes trifoliate); пололепестник зеленый (Coeloglossum viride); ладьян трехнадрезанный (Corallorhiza trifida); башмачок пятнистый (Cypripedium guttatum); надбородник безлистный (Epipogium aphyllum); пальчатокоренник балтийский (Dactylorhiza longifolia); пальчатокоренник кроваво-красный (Dactylorhiza incarnate); пальчатокоренник Фукса (Dactylorhiza uchsii); пион степной (Paeonia hybrida); первоцвет Бунга (Primula bungeana); перловник высокий (Melica altissima); ковыль перистый (Stipa pennata); ревень алтайский (Rheum altaicum); борец белоустый (Aconitum leucostomum); златоцвет пушистый (Adonis villosa); анемоноидес голубой (Anemonoides caerulea); лжеводосбор ветреницевидный (Paraquilegia anemonoides); шиповник острошиповый (Rosa oxyacantha); рosa pimpinellifolia (Шиповник колючейший); сибирка алтайская (Sibiraea altaiensis); мытник прелестный (Pedicularis amoena); мытник тысячелистниковый (Pedicularis achillefolia); норичник алтайский (Scrophularia altaica); вероника густоцветковая (Veronica densiflora); волчеягодник алтайский (Daphne altaica); стеллеропсис алтайский (Stelleropsis altaica); патриния сибирская (Patrinia sibirica).

Фауна Исключительно разнообразно животное население заповедника. Для него характерны 316 видов позвоночных, из них 59 видов млекопитающих, 245 – птиц, 4-пресмыкающихcя: Змеи: Ужеобразные (Colubridae): обыкновенный уж (Natrix natrix); водяной уж (Natrix resellata). Гадюковые змеи, или гадюки (Viperidae): гадюка обыкновенная (Vipera berus). Среди них есть виды, занесенные в Красную книгу Республики Казахстана: черный аист (Ciconia nigra); лебедь-кликун (Cygnus cygnus); скопа (Pandion haliaetus); могильник (Aquila heliacal) беркут (Aquila chrysaetos); орлан-белохвост (Haliaeetus albicilla); балобан (Falco cherrug); сапсан (Falco peregrinus); серый журавль (Grus grus); черноголовый хохотун (Larus ichthyaetus); филин (Bubo bubo); снежный барс (Uncia uncia); каменная куница (Martes foina). 11 видов животных внесены в Красную книгу Международного Союза охраны природы: снежный барс (Uncia uncia), каменная куница (Martes foina), из птиц – алтайский улар (Tetraogallus altaicus), беркут (Aquila chrysaetos), орлан-белохвост (Haliaeetus albicilla), скопа (Pandion haliaetus) и др. Встречаются и эндемики – т.е виды, которые обитающие только в данном регионе. Эндемичной для Алтая является серая мышовка (Sicista pseudonapaea). На подвидовом уровне эндемичны рыбы, обитающие в Маркаколе – маркакольский ленок (ускуч) (Brachymystax savinovi), хариус (Thymallus sp.), обыкновенный голец (Barbatula barbatula). Особенно многообразен мир беспозвоночных. На сегодняшний день достоверно отмечено 283 вида жесткокрылых насекомых, 41 вид прямокрылых и кожистокрылых, 51 - мух-журчалок, 44 – сциарид, 85 – различных гидробионтов. Встречаются редкие виды: аполлон (Parnassius apollo), апполон феб (Parnassius phoebus), махаон (Papilio machaon), а эндемичный для Южного Алтая жук - жужелица Михайлова (Carabus (Morphocarabus) michailovi) – занесен в республиканскую Красную книгу.

Разнообразны и интересны птицы, обитающие на территории заповедника. За все время исследования их насчитали 261 вид. Из них настоящее время обитают 245 видов, гнездятся 152. Редких, занесенных в Красную книгу РК, насчитывается 13 видов: черный аист (Ciconia nigra); лебедь-кликун (Cygnus cygnus); скопа (Pandion haliaetus); могильник (Aquila heliacal); беркут (Aquila chrysaetos); орлан-белохвост (Haliaeetus albicilla); балобан (Falco cherrug); сапсан (Falco peregrinus); серый журавль (Grus grus); черноголовый хохотун (Larus ichthyaetus); филин (Bubo bubo); снежный барс (Uncia uncia); каменная куница (Martes foina).

Снежный барс (Uncia uncia) - включен в список Международного союза охраны природы и природных ресурсов (МСОП).