Чарынский государственный национальный природный парк был организован по постановлению Правительства Республики Казахстан от 23 февраля 2004 г. № 213 на площади 93 150 га в целях сохранения и восстановления уникальных природных комплексов Алматинской области, имеющих особую экологическую, историческую, научную, эстетическую и рекреационную ценность.
Постановлением Правительства РК за № 121 от 6 февраля 2009 года территория парка была расширена, присоединено 32900 га из земель госземзапаса и земель для нужд обороны, всего площадь парка составляет 127050 га.
Находится в ведении Комитета лесного хозяйства и животного мира Министерства экологии, геологии и природных ресурсов Республики Казахстан
Местонахождение: В административно-хозяйственном отношении существующая территория парка, расположена в Уйгурском, Енбекшиказахском и Раимбекском районах Алматинской области в 7 км западнее с. Шонжы и в 200 км восточнее г. Алматы
Центральная усадьба парка находится в с. Шонжа, в 350 км от областного центра г. Талдыкорган.
Описание границ: Парк расположен в Илийской межгорной впадине, раскинулся на территории от моста в районе п. Курытогай на юге до начала дельты на севере. И представляет собой полосу предгорных равнин и межгорных впадин по обе стороны реки.
Основные охраняемые объекты парка: Участок Улькен Бугуты включает северо-восточную часть горного массива Улькен Бугуты с предгорьями в границах Уйгурского района на землях госзапаса. Основная задача охрана уникальных геологических объектов с комплексом минералов (молибдемит, шеелит, пирит, халькопирит и др.), расширение местобитание джейранов, теков, охрана саксаульников в предгорной части, 61 вида редких и энднмичных растений а также их сообществ.
Кызыл карасай –это места обитания и окота джейрана в каньонах, места обитания редких видов птиц (сокол балобан, дрофа красотка и др.), единственное в Казахстане место произрастания реликтового, а также 11 других редких видов растений и фрагментов реликтового ясеневого леса в каньонах. Наличие гидрологических объектов с минеральными водами представляющих особую бальнеологическую ценность.
Чарынский каньон - и входящий в перечень геологических, гидрогеологических объектов и в перечень участков недр, представляющих особую экологическую, научную и иную ценность, отнесенных к категории особо охраняемых природных территорий Республиканского значения, согласно постановления Правительства от 30 июня 2005 г. № 657. Здесь охраняются отвесные скалистые склоны каньона, палеонтологические находки, в том числе ископаемых животных обнаруженные в этом районе, а также редкие виды фауны и флоры.
Флора. На территории Чарынского ГНПП, зарегистрировано около 1000 видов высших сосудистых растений, относящихся к 436 родам и 92 семействам, что свидетельствует о значительном флористическом богатстве обсуждаемой территории.
Флора парка очень разнообразна. Здесь представлено семь типов растительности: степной, пустынный, кустарниковый, лесной, тугайный, луговой и болотный. В парке в урочище Сарытогай произрастает реликтовый широколиственный ясеневый лес. Обычны здесь ивы, шиповник Альберта (Rosa alberti) и шиповник илийский (Rosa iliensis), а также 14 видов, включенных в Красную книгу Казахстана — тюльпан Колпаковского (Tulipa kolpakowskiana); саксаульчик илийский (Arthrophytum iliense); барбарис илийский (Berberis iliensis); тополь сизолистый (Populus pruinosa); жимолость илийская (Lonicera iliensis); печеночница Фальконера (Нераtica falconeri); астрагал чарынский (Аstragalus tscharynensis); кермек Михельсона (Limonium michelsonii); пустынноколосник Зинаиды (Eremostachys zenaidae); плагиобазис васильковый (Plagiobasis centauroides); нeвролома Бекетова (Neuroloma beketovii); остролодочник Недзвецкого (Oxytropis niedzweckiana); ферула сюгатинская (Ferula sugatensis); солонечник скальный (Galatella saxatilis).
Эндемами среди растительности являются 26 видов: тюльпан Бема (Tulipa behmiana); астрагал приятный (Astragalus amabilis); гелиотроп маленький (Heliotropium parvulum); саксаульчик балхашский (Arthrophytum balchaschense); остролодочник Недзвецкого (Oxytropis niedzweckiana); ферула сюгатинская (Ferula sugatensis); ферула илийская (Ferula iliensis); солонечник скальный (Galatella saxatilis); иконниковия (Ikonnikovia kaufmanniana); ковыль кунгейский (Stipa kungeica); полынь семиреченская (Artemisia heptapotamica); тюльпан Колпаковского (Tulipa kolpakowskiana); печеночница Фальконера (Нераtica falconeri); вьюнок трагакантовый (Convolvulus tragacanthoides); ясень согдийский (Fraxinus sogdiana); клен Семенова (Acer semenovii); тополь сизолистый (Populus pruinosa); тополь разнолистный (Populus diversifolia); шиповник илийский (Rosa iliensis); жимолость илийская (Lonicera iliensis); ильиния Регеля (Iljinia regelii); барбарис илийский (Berberis iliensis); нeвролома Бекетова (Neuroloma beketovii); пустынноколосник Зинаиды (Eremostachys zenaidae); астрагал чарынский (Аstragalus tscharynensis); кермек Михельсона (Limonium michelsonii).
Реликтовыми видами данной территории являются 7 видов: ферула илийская (Ferula iliensis); кермек Михельсона (Limonium michelsonii); сведа древовидная (Suaeda dendroides); ясень согдийский (Fraxinus sogdiana); плагиобазис васильковый (Plagiobasis centauroides); пустынноколосник Зинаиды (Eremostachys zenaidae); барбарис илийский (Berberis iliensis).
На территории Парка имеются редкие виды: гусиный лук щетинолистный (Gagea setifolia); лядвенец Сергиевской (Lotus sergievskiae); кизильник Краснова (Cotoneaster krasnovii); цельнолистник многостебельный (Haplophyllum multicaule); дендростеллера песчаная (Dendrostellera ammodendron); зайцегуб Бунге (Lagochilus bungei).
Фауна. На территории парка 32 видов млекопитающих, 18 видов герпетофауны, 4 вида земноводных, более 100 видов птиц. 28 видов животных находящихся на территории Парка, включены в Красную книгу Казахстана: илийская маринка (Schizothorax argentatus pseudaksaiensis); данатинская жаба (Bufo danatensis); центральноазиатская лягушка (Rana asiatica); пестрая круглоголовка (Phrynocephalus versicolor); черный аист (Ciconia nigra); скопа (Pandion haliaetus); змееяд (Circaetus gallicus); степной орел (Aquila nipalensis); могильник (Aquila heliacal); беркут (Aquila chrysaetus); орлан-белохвост (Haliaeetus albicilla); бородач (Gypaetus barbatus); стервятник (Neophron percnopterus); кумай (Gyps himalayensis); балобан (Falco cherrug); сапсан (Falco peregrinus); серый журавль (Grus grus); журавль-красавка (Anthropoides virgo); дрофа-красотка (Chlamydotis undulate); чернобрюхий рябок (Pterocles orientalis); саджа (Syrrhaptes paradoxus); бурый голубь (Columba eversmanni); филин (Bubo bubo); азиатская широкоушка (Barbastella leucomelas); перевязка (Vormela peregusna); манул (Felis manul); среднеазиатская речная выдра (Lutra lutra seistanica); джейран (Gazella subgutturosa).
Ихтиофауна (рыбы) - представлена 10 видами из 2-х семейств: амурский чебачок (Pseudorasbora parva), маринка илийская (Shizothorax pseudaksalensis), осман чешуйчатый (Diptychus maculatus) и осман голый (Gymnodiptychus dybowskii), карась серебряный (Carassius gibelio), сазан аральский (Карповые) (Cyprinus carpio haematopterus) и голец тибетский (Nemachilus stoliczkai) и голец серый (Salvelinus namaycush), губач пятнистый (Salvelinus namaycush) и губач одноцветный (Вьюновые) (Noemacheilus strauchi).
Батрахофауна (Земноводные) - возможно нахождение 4 видов бесхвостых амфибий (33% батрахофауны Казахстана): зелёная жаба (Bufo viridis); жаба Певцова (Bufo pewzowi); озёрная лягушка (Rana ridibunda); центральноазиатская лягушка (Rana asiatica).
Герпетофауна (Пресмыкающиеся). Пустынное окружение каньона и проникновение пустыни на его обрывистые склоны, а в нижней части – и на дно в виде пухлых солончаков и турангового леса – обусловило довольно богатый состав герпетофауны. Здесь встречаются представители 10 видов ящериц и 8 видов змей, что составляет 36,7% всей герпетофауны Казахстана.
На камнях и стволах туранг чаще всего попадаются два вида ящериц: серый геккон (Mediodactylus russowii) и пискливый геккон (Alsophylax pipiens); на опустыненных участках почвы – ящерица степная агама (Trapelus sanguinolentus), такырная круглоголовка (Phrynocephalus helioscopus) и пёстрая круглоголовка (Pyhrnocephalus versicolor), а также круглоголовка-вертихвостка (Phrynocephalus guttatus). Здесь же и среди солянковой растительности обитают три вида ящурок: разноцветная ящурка (Eremias arguta), средняя ящурка (Eremias intermedia) и быстрая ящурка (Eremias velox), а под камнями – самая маленькая наша ящерица – алайский ложный гологлаз (Asymblepharus alaicus).
Орнитофауна (Птицы). Птицы – единственный класс позвоночных животных, связь представителей которого с территорией всецело определяется сезонностью: летом, в период размножения, здесь обитают представители одних видов, значительная часть которых (в наших широтах – большинство) на зиму отлетает к югу, а их место занимают прилетевшие с севера; в сезон миграций весной и осенью через данную территорию пролетают десятки видов птиц, которые не живут здесь ни летом, ни зимой.
Летний аспект авифауны Чарынского ГНПП и его ближайших окрестностей состоит из представителей, по крайней мере, 130 видов птиц, что составляет более 30% от всех птиц, гнездящихся в Казахстане. Водные и околоводные – 32 вида. Птицы открытых пространств – около 20 видов.
Териофауна (Млекопитающие). На территории национального парка достоверно обитает 32 вида млекопитающих. Наиболее многочисленный отряд грызунов представлен в каньоне и его окрестностях 19 видами (из них 6 – предположительно): обыкновенная белка (Sciurus vulgaris), лесная соня (Dryomys nitedula), тянь-шаньская мышовка (Sicista tianshanica), малый тушканчик (Allactaga elater), тарбаганчик (Pygeretmus pumilio), серый хомячок (Cricetulus migratorius), обыкновенная слепушонка (Ellobius talpinus), три вида песчанок: песчанка тамарисковая (Meriones tamariscinus), песчанка краснохвостая (Meriones libycus) и песчанка большая (Rhombomys opimus) и три вида мышей: мышь лесная (Apodemus uralensis), мышь полевая (Apodemus agrarius) и мышь домовая (Mus musculus). Встречается жёлтый суслик (Spermophilus fulvus) и краснощёкий суслик (Spermophilus erythrogenys), большой тушканчик (Allactaga major) и тушканчик-прыгун (Allactaga saltator), обыкновенный емуранчик (Stylodipus telum), серебристая полёвка (Alticola argentatus) в каменистых россыпях наиболее высоких участков в верховьях каньона.
Не менее 5 видов летучих мышей: остроухая ночница (Myotis blythii) и усатая ночница (Myotis mystacinus), нетопырь-карлик (Pipistrellus pipistrellus) и кожановидный нетопырь (Hypsugo savii), рыжая вечерница (Nyctalus noctula), серый ушан (Plecotus austriacus), азиатская широкоушка (Barbastella leucomelas), поздний кожан (Eptesicus serotinus), гобийский кожан (Eptesicus gobiensis) и двухцветный кожан (Vespertilio murinus). Здесь же обычны ушастый ёж (Hemiechinus auritus) и малая белозубка (Crocidura suaveolens) из насекомоядных, а также заяц-толай (Lepus tolai) из зайцеобразных.